El Programa se implementa de manera gradual a lo largo de tres cursos escolares. Cada centro cuenta con uno o más coordinadores/as que lideran la aplicación del Programa, siendo altamente recomendable que al menos uno forme parte del equipo directivo del centro. El equipo que aplica los recursos educativos va creciendo a lo largo de los tres años, mientras que todos los docentes del claustro son invitados a las formaciones en desarrollo afectivo, social y creativo, que tienen lugar en el centro escolar de forma presencial (10 horas cada curso, en el momento que el centro prefiera).
Al terminar el periodo de implementación, el centro pasa a formar parte de la Red de Centros Graduados Educación Reponsable, tiendiendo acceso a un plan de formación complementario sobre distintos temas de actualidad educativa.